Leonardo Da Vinci ocultó varios elementos en este cuadro que a lo largo de la historia han sido descubiertos e incluso planteados como ciertos. El primero de ellos se trata de San Juan (el primero a la izquierda de Jesús) que sería en realidad María Magdalena para el pintor, posible esposa de Jesús, viéndose así del mismo modo los rasgos femeninos con los que cuenta en este cuadro. Si recortamos la imagen y la ponemos a la derecha de Jesús en el cuadro, parece que se adapta y se encontraría apoyada en su hombro. También se piensa que el hueco existente entre ambos posee una forma que de algún modo se asemeja a un caliz (ya que este no esta presente en la mesa como podemos ver) y que esa forma de triangulo es también el símbolo de la mujer. Por otro lado, en cuanto al segundo apóstol desde la derecha (San Judas Tadeo) tiene la misma cara que el maestro Leonardo, junto con su compañero San Mateo (a su derecha); estos son casualmente los únicos personajes del cuadro que le están